Hiện nay bản gốc chữ Hán không còn, và cũng chưa được khắc in. Người ta sưu tầm được tất cả 12 dị bản Hoàng Lê nhất thống chí bằng chữ Hán đều ở dạng viết tay:[2]

• sáu bản của Thư viện Viện Nghiên cứu Hán Nôm, mang các ký hiệu

• A. 22/1- 2 (tiêu đề Hoàng Lê nhất thống chí. Học Tống Công trứ, Trưng Phủ Công tục);
• A. 883 (in ảnh trên giấy tây, tiêu đề Lê quý ngoại sử. Sơn Nam Thành Oanh huyện Tả Thanh Oai Thiêm thư Ngô Thì Thuyến soạn, Long phi Kỷ Hợi niên (1899) hạ lục nguyệt thập ngũ nhật. Hàn lâm viện Thị độc sung Bắc kỳ Thống sứ phủ thực thụ đệ ngũ hạng Lục sự Nguyễn Hữu Thường phụng lục);
• Vhv. 1542/1-2(tiêu đề An Nam nhất thống chí, bản này cùng loại với bản do Nguyễn Hữu Thường chép); Vhv. 1296 (tiêu đề Hoàng Lê nhất thống chí); Vhv. 1534/- 2 (tiêu đề Hoàng Lê nhất thống chí, có dấu ấn của Hoàng Xuân Hãn);
• Vhv. 1534/b (tiêu đề Hoàng Lê nhất thống chí. Chỉ có 8 hồi đầu, hồi thứ 8 đang chép dở), một bản của Thư viện Quốc gia Hà Nội (tiêu đề An Nam nhất thống chí, chỉ có 7 hồi đầu);

• bốn bản của Thư viện Hiệp hội châu Á Paris, mang các ký hiệu

• HM. 2224(7) (tiêu đề An nam nhất thống chí, chép từ sách Ngô gia văn phái. Tập 7. Quyển 19-20, phần Học Tống Công di thảo);
• HM. 2134 (tiêu đề Hoàng Lê nhất thống chí Học Tống Công trứ, Trương Phủ Công tục: bản này chép từ bản A.22 của Viện Nghiên cứu Hán Nôm);
• Ms. b.21 (tiêu đề Hoàng Lê nhất thống chí Gia Long tam niên Giáp Tý (1804) quý đông sóc, Lê Cảnh Hưng Quý Mùi khoa Tiến sĩ Tả Thanh Oai nhân Ngô Thì Nhậm biên tập (tiêu đề An Nam nhất thống chí, Thiêm thư binh chương Học Tốn Công di thảo; đây là sách của Fonds Demiéville).